解讀：（１）我國現行土地增值稅征收采取先預征后清算的管理模式；（２）房地產公司依據財務會計制度自行進行賬務處理就會導致“稅會差異”應作納稅調整，即以實際預征的土地增值稅在計算應納所得額時扣除，而不是以企業根據財務會計制度預期應繳納的土地增值稅計算。

解析：

（１）《企業所得稅法實施條例》第９條規定企業應納稅所得額的計算以權責發生制為原則，但該條款同時亦規定國務院財政、稅務主管部門另有規定的除外。

（２）《土地增值稅暫行條例實施細則》第１６條確立了預征和清算的特別規定，即我國現行土地增值稅征收采取了先預征后清算的管理模式（以現房銷售收入和預收房款為基礎乘以預征率按月繳納，待達到土地增值稅清算條件時再對整個房地產項目的土地增值稅進行清算，多退少補）。

（３）房地產公司依據財務會計制度自行進行賬務處理就會導致“稅會差異”，應當作納稅調整，即應以稅法為依據計算應納稅額，以實際預征的土地增值稅在計算應納所得額時扣除，而不是以企業根據財務會計制度預期應繳納的土地增值稅計算。

法條鏈接：

《企業所得稅法》

　　第八條　企業實際發生的與取得收入有關的、合理的支出，包括成本、費用、稅金、損失和其他支出，準予在計算應納稅所得額時扣除。

《企業所得稅法實施條例》

　　第九條　企業應納稅所得額的計算，以權責發生制為原則，屬于當期的收入和費用，不論款項是否收付，均作為當期的收入和費用；不屬于當期的收入和費用，即使款項已經在當期收付，均不作為當期的收入和費用。本條例和國務院財政、稅務主管部門另有規定的除外。

《土地增值稅暫行條例實施細則》

　　第十六條　納稅人在項目全部竣工結算前轉讓房地產取得的收入，由于涉及成本確定或其他原因，而無法據以計算土地增值稅的，可以預征土地增值稅，待該項目全部竣工、辦理結算后再進行清算，多退少補。具體辦法由各省、自治區、直轄市地方稅務局根據當地情況制定。

經典案例：

·華潤置地（上海）有限公司訴上海市國家稅務局第五稽查局復議決定案

【案號】上海市黃浦區人民法院行政判決書(2015)黃浦行初字第256號

【裁判摘要】關于原告是否應在計算企業所得稅應納稅所得額時對土地增值稅的會計處理作納稅調整的爭議，兩被告對原告就土地增值稅的會計處理符合財務會計制度規定并無異議，但認為因涉及“稅會差異”，原告需作納稅調整。本院認為，《企業所得稅法實施條例》第九條雖然規定了企業應納稅所得額的計算，以權責發生制為原則，但該條款同時亦規定，國務院財政、稅務主管部門另有規定的除外。就本案涉及的土地增值稅而言，由于現行土地增值稅的征繳管理存在特殊性，即《土增稅條例實施細則》確立的預征和清算的特別規定，而在每一納稅年度預征土地增值稅，正是基于房產開發項目周期長，在未竣工結算前，無法核算成本，也就不能精確計算土地增值稅的立法考量。本案中，涉案的“外灘九里苑”項目尚未竣工結算，原告實際也是采用預征方式繳納土地增值稅，所預征的稅金，應當視為當期“實際”發生的稅金。因實際發生的預征土地增值稅金與原告依據財務會計制度自行所作會計處理在金額上不一致，被告市國稅稽查五局準予以當期預征的土地增值稅金確定扣除額，并要求對差額部分作出納稅調整，該做法既符合設立土地增值稅預征制度的立法本意，也能體現稅收效率原則，本院予以認可。